之前我們介紹過巴氏殺菌不會影響啤酒的老化，但巴殺工藝對啤酒本身風味的影響還是存在的。釀酒師通常會在巴氏殺菌之前計算巴氏的滅菌單位PU（60攝氏度持續一分鐘的產品中發生的微生物死亡的數量），從而使巴殺達到很好的效果而不造成酒體的熱損失。
經過巴氏殺菌前后對啤酒的感官評價進行評測后發現，受適當控制的巴氏殺菌影響的唯一風味變量是啤酒花濃度。這也是現代精釀啤酒中最重要的部分，因此巴氏殺菌也被很多精釀愛好者認為是“洪水猛獸”。
這是一個微妙的變化，可以通過調整配方來改善。同時，采用不同的巴氏殺菌技術，更好的設備及工藝操作，可以非常有效的減少啤酒味道上的流失。但這對于國內小型酒廠來說，成本會偏高。
真正影響啤酒風味的是過度巴氏滅菌，過度的高溫環境對成熟的啤酒來說有“強制”氧化的效果，在這種情況下，氧氣在啤酒中的負面影響將加速，導致啤酒產生不愉快的濕紙板的味道。即使是正常的巴氏殺菌溫度而沒有及時的冷卻降溫，加溫時間過長，也會導致啤酒風味的不穩定。
因此巴氏殺菌的工藝是非常重要的，國外精釀發展比較成熟，生產技術和對質量的把控都比較嚴格，所以很難感覺到巴氏殺菌對啤酒產生的影響，而國內啤酒廠的品控工作相比來說還不是很完善，雖然可能使用的是相同的巴殺設備，但往往因為操作而導致的產品問題也是很嚴重的。